python 代码实现k-means聚类分析的思路(不使用现成聚类库)

num=10 #k的种类
for k in range(1,num):
 随机选择k个质点
 for i in range(n): #迭代n次
 根据点与质点间的距离对于X_train进行聚类
 根据mean值迭代更新质点
 计算SSE_train
 计算SSE_test
画图

import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from sklearn.model_selection import train_test_split 

def distance(p1,p2):
 return np.sqrt((p1[0]-p2[0])**2+(p1[1]-p2[1])**2)

def means(arr):
 return np.array([np.mean([p[0] for p in arr]),np.mean([p[1] for p in arr])])

#数据处理
data= pd.read_table('cluster.dat',sep='\t',header=None) 
data.columns=['x']
data['y']=None
for i in range(len(data)): #遍历每一行 
 column = data['x'][i].split( ) #分开第i行，x列的数据。split()默认是以空格等符号来分割，返回一个列表 
 data['x'][i]=column[0] #分割形成的列表第一个数据给x列 
 data['y'][i]=column[1] #分割形成的列表第二个数据给y列
list=[]
list1=[]
for i in range(len(data)):
 list.append(float(data['x'][i]))
 list.append(float(data['y'][i]))
 list1.append(list)
 list=[]
arr=np.array(list1)
print(arr)

#按照8：2划分数据集和训练集
X_train, X_test = train_test_split(arr,test_size=0.2,random_state=1)

count=10 #k的种类：1、2、3...10
SSE_train=[] #训练集的SSE
SSE_test=[] #测试集的SSE
n=20 #迭代次数
for k in range(1,count):
 cla_arr=[] #聚类容器
 centroid=[] #质点
 for i in range(k):
 j=np.random.randint(0,len(X_train))
 centroid.append(list1[j])
 cla_arr.append([])
 centroids=np.array(centroid) 
 cla_tmp=cla_arr #临时训练集聚类容器
 cla_tmp1=cla_arr #临时测试集聚类容器
 for i in range(n): #开始迭代
 for e in X_train: #对于训练集中的点进行聚类分析
 pi=0
 min_d=distance(e,centroids[pi]) 
 for j in range(k):
 if(distance(e,centroids[j])<min_d): 
  min_d=distance(e,centroids[j])
  pi=j
 cla_tmp[pi].append(e) #添加点到相应的聚类容器中
 
 for m in range(k):
 if(n-1==i):
 break
 centroids[m]=means(cla_tmp[m])#迭代更新聚类中心
 cla_tmp[m]=[]
 dis=0
 for i in range(k):  #计算训练集的SSE_train
 for j in range(len(cla_tmp[i])):
 dis+=distance(centroids[i],cla_tmp[i][j])
 SSE_train.append(dis)
 
 col = ['HotPink','Aqua','Chartreuse','yellow','red','blue','green','grey','orange'] #画出对应K的散点图
 for i in range(k):
 plt.scatter([e[0] for e in cla_tmp[i]],[e[1] for e in cla_tmp[i]],color=col[i])
 plt.scatter(centroids[i][0],centroids[i][1],linewidth=3,s=300,marker='+',color='black')
 plt.show()
 
 for e in X_test:  #测试集根据训练集的质点进行聚类分析
 ki=0
 min_d=distance(e,centroids[ki])
 for j in range(k):
 if(distance(e,centroids[j])<min_d):
 min_d=distance(e,centroids[j])
 ki=j
 cla_tmp1[ki].append(e)
 for i in range(k):  #计算测试集的SSE_test
 for j in range(len(cla_tmp1[i])):
 dis+=distance(centroids[i],cla_tmp1[i][j])
 SSE_test.append(dis)

SSE=[] #计算测试集与训练集SSE的差值
for i in range(len(SSE_test)):
 SSE.append(SSE_test[i]-SSE_train[i])

x=[1,2,3,4,5,6,7,8,9]
plt.figure()
plt.plot(x,SSE_train,marker='*')
plt.xlabel("K")
plt.ylabel("SSE_train")
plt.show() #画出SSE_train的图

plt.figure()
plt.plot(x,SSE_test,marker='*')
plt.xlabel("K")
plt.ylabel("SSE_test")
plt.show() #画出SSE_test的图

plt.figure()
plt.plot(x,SSE,marker='+')
plt.xlabel("K")
plt.ylabel("SSE_test-SSE_train")
plt.show() #画出SSE_test-SSE_train的图