js DNA动态序列比对代码

更新时间：2010年07月06日 08:38:55 作者：

JavaScript动态序列比对代码，随便写着玩的，在网上见到用VC、VB写的比较多，这个算法以前在高中课本上见到过，我只是用Js写一下试试，或许还不是太准确。

<title>动态序列比对</title> <script> function pairaln(seq1, seq2){ // scoring scheme var MATCH = 1; // +1 for letters that match var MISMATCH = -1; // -1 for letters that mismatch var GAP = -1; // -1 for any gap // initialization var score=[[]]; var pointer=[[]]; score[0][0] = 0; pointer[0][0] = 0; var l1=seq1.length var l2=seq2.length for(var j = 1; j <= l1; j++) { score[0][j] = GAP * j; pointer[0][j] = 2; } for (var i = 1; i <= l2; i++) { score[i]=[]; pointer[i]=[]; score[i][0] = GAP * i; pointer[i][0] = 3; } // fill for(var i = 1; i <= l2; i++) { var letter2 = seq2.charAt(i-1); for(var j = 1; j <= l1; j++) { var diagonal_score, left_score, up_score; // calculate match score var letter1 = seq1.charAt(j-1); if (letter1 == letter2) { diagonal_score = score[i-1][j-1] + MATCH; } else { diagonal_score = score[i-1][j-1] + MISMATCH; } // calculate gap scores up_score = score[i-1][j] + GAP; left_score = score[i][j-1] + GAP; // choose best score if (diagonal_score >= up_score) { if (diagonal_score >= left_score) { score[i][j] = diagonal_score; pointer[i][j] = 1; } else { score[i][j] = left_score; pointer[i][j] = 2; } } else { if (up_score >= left_score) { score[i][j] = up_score; pointer[i][j] = 3; } else { score[i][j] = left_score; pointer[i][j] = 2; } } } } // trace-back var align1 = []; var align2 = []; // start at last cell of matrix var j = l1; var i = l2; while (1) { if(pointer[i][j] == 0)break // ends at first cell of matrix if (pointer[i][j] == 1) { align1[align1.length] = seq1.charAt(j-1); align2[align2.length] = seq2.charAt(i-1); i--; j--; } if (pointer[i][j] == 2) { align1[align1.length] = seq1.charAt(j-1); align2[align2.length] = "-"; j--; } if (pointer[i][j] == 3) { align1[align1.length] = "-"; align2[align2.length] = seq2.charAt(i-1); i--; } } align1 = align1.reverse(); align2 = align2.reverse(); return "序列：<p>"+seq1+"<br>"+seq2+"<p>比对结果：<table><tr><td>"+align1.join("</td><td>")+"</td></tr><tr><td>"+align2.join("</td><td>")+"</tr></table>" } document.write(pairaln('CTGGGCTGACTGA', 'GACTAGCTAGACTGA')) </script>

[Ctrl+A 全选注:引入外部Js需再刷新一下页面才能执行]

js获取select标签的值且兼容IE与firefox
本篇文章主要介绍了js获取select标签的值且兼容IE与firefox。需要的朋友可以过来参考下，希望对大家有所帮助
2013-12-12
学习Javascript面向对象编程之封装
这篇文章主要帮助大家学习Javascript面向对象编程之封装，由浅入深的介绍了封装的概念定义，感兴趣的小伙伴们可以参考一下
2016-02-02
JavaScript实现给按钮加上双重动作的方法
这篇文章主要介绍了JavaScript实现给按钮加上双重动作的方法,可实现文本框元素值添加及页面跳转的功能,具有一定参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下
2015-08-08
原生js实现半透明遮罩层效果具体代码
半透明遮罩层效果基本上都是使用插件实现的，下面为大家分享下使用原生js实现半透明遮罩效果，感兴趣的朋友可以参考下哈，希望对你熟悉原生js有所帮助
2013-06-06
js实现时间显示几天前、几小时前或者几分钟前的方法集锦
这篇文章主要介绍了js实现时间显示几天前、几小时前或者几分钟前的方法,实例汇总分析了时间显示格式转换的常用思路与技巧,需要的朋友可以参考下
2015-05-05
原生js实现密码强度验证功能
这篇文章主要为大家详细介绍了原生js实现密码强度验证功能，文中示例代码介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们可以参考一下
2020-03-03
JS+CSS实现的简单折叠展开多级菜单效果
这篇文章主要介绍了JS+CSS实现的简单折叠展开多级菜单效果,涉及JavaScript页面元素的遍历及动态操作技巧,具有一定参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下
2015-09-09
判定对象是否为window的js代码
这是一个非常有趣的题目。我们先从Object.prototype.toString入手，看能否解决它。
2010-02-02
使用TypeScript类型注解的方法详解
这篇文章主要为大家详细介绍了TypeScript的类型注解，文中示例代码介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们可以参考一下，希望能够给你带来帮助
2022-03-03
详解webpack进阶之插件篇
这篇文章主要介绍了详解webpack进阶之插件篇，小编觉得挺不错的，现在分享给大家，也给大家做个参考。一起跟随小编过来看看吧
2017-07-07