perl 读取所需文件的路径，然后打开相应的文件

#首先定义四种碱基的数量为0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#首先要先把序列进行合并成一行

#先确定所要处理的文件的路径及文件名（在windows系统下面要按照这样的例子写
#f:\\perl\\data.txt
print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n";
chomp($dna_filename=<STDIN>);
#打开文件
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#将文件赋予一个数组
@DNA=<DNAFILENAME>;

#以下两步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s/\s//g;

#将DNA分解成，然后赋值到数组
@DNA=split('',$DNA);

#然后依次读取数组的元素，并对四种碱基的数量进行统计
foreach $base(@DNA)
{
 if ($base eq 'A')
 {
  $count_A=$count_A+1;
 }
 elsif ($base eq 'T')
 {
  $count_T=$count_T+1;
 }
 elsif ($base eq 'C')
 {
  $count_C=$count_C+1;
 }
 elsif ($base eq 'G')
 {
  $count_G=$count_G+1;
 }
 else
 {
  print "error\n"
 }
}
#输出最后的结果
print "A=$count_A\n";
print "T=$count_T\n";
print "C=$count_C\n";
print "G=$count_G\n";

F:\>

#首先定义四种碱基的数量为0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#首先要先把序列进行合并成一行

#先确定所要处理的文件的路径及文件名（在windows系统下面要按照这样的例子写
#f:\\perl\\data.txt
print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n";
chomp($dna_filename=<STDIN>);
#打开文件
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#将文件赋予一个数组
@DNA=<DNAFILENAME>;

#以下两步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s/\s//g;

#然后依次读取字符串的元素，并对四种碱基的数量进行统计
for ($position=0;$position<length $DNA;++$position)
{
 $base=substr($DNA,$position,1);
 if ($base eq 'A')
 {
  $count_A=$count_A+1;
 }
 elsif ($base eq 'T')
 {
  $count_T=$count_T+1;
 }
 elsif ($base eq 'C')
 {
  $count_C=$count_C+1;
 }
 elsif ($base eq 'G')
 {
  $count_G=$count_G+1;
 }
 else
 {
  print "error\n"
 }
}
#输出最后的结果
print "A=$count_A\n";
print "T=$count_T\n";
print "C=$count_C\n";
print "G=$count_G\n";

F:\>